카즈야는 인류의 적인 '이차원체노바'와 싸우기 위해 제네틱스에 편입하고, 그곳에서 죽은 누나와 닮은 소녀 사테라이자와 만나게 된다. 수많은 싸움을 이겨내고 점차 가까워지는 두 사람. 노바와의 전투가 격화되는 중, 인류는 인공적으로 판도라를 창조해내려는 'E 판도라' 계획을 발동한다. 성과에 급급한 E 판도라 연구소는 안정제란 이름으로 촉진제 '마크 IV'를 실험체에 투여하는데…! 그러나 실험은 실패하고, 마크 IV를 투여받은 E 판도라가 폭주하기 시작한다!