모빌 슈트 건담 디 오리진 16

인류가 우주로 이민하게 된지 반세기 이상 지난 우주세기 0079, 지구에서 가장 먼 스페이스 콜로니인 사이드 3는 지온 공국을 자칭하며 지구 연방 정부에 독립전쟁을 선포한다. 당초 지온은 열세로 생각되었지만, 신형병기 MS(모빌슈트)의 실전투입에 의해 전황은 일변하여 전쟁은 교착상태에 빠진다. 개전후 8개월 정도 지났을 무렵, 중립지대인 사이드 7이 '붉은 혜성' 샤아 아즈나블이 이끄는 지온군 MS 부대의 기습을 받고 전투에 휘말린다. 그곳에 살던 소년 아무로 레이는 아버지가 개발한 연방군의 신형 MS 건담에 탑승하여 이를 격파하고, 그 공적에 의해 건담 파일럿으로서 강습양륙함 화이트베이스에 타게 된다.

샤아의 집요한 공격을 받으면서 화이트베이스가 강하한 곳은 지온 공왕의 막내 아들 가르마 자비의 세력 하에 있는 북미 대륙이었다. 연방군 본부가 위치하는 자브로를 향해 남하하는 그들을 지온 북미 방면군이 공격하는 와중에, 샤아는 화이트베이스를 이용해서 가르마를 제거하고 자신의 야망인 자비가에 대한 복수를 실현해간다. 한편 아무로는 거듭된 싸움 속에서, 마틸다에 대한 아련한 사랑, 그리운 어머니와의 이별, 적이면서도 인간적인 매력에 넘치는 람바 랄과의 만남과 이별을 통해 점차 전사로 성장한다. 그리고 자브로 기지 공방전에서 승리한 연방군은 지온 지구 침공군의 본거지인 오뎃사로 진격을 개시한다. 아무로와 화이트베이스의 승무원들도 그 작전에 참가하기 위해 남미를 떠난다….